AutoCADでは同じ内容の設定でも、
・ダイアログボックスでチェック
・コマンドラインにシステム変数を入力
両方の方法が使用できるものがあります。
どちらからの操作でも優先されることはなく、コマンドラインからシステム変数を切り替えると、オプションダイアログやスタイル管理ダイアログのチェックボックスがON/OFFに切り替わり、連動します。
また、設定はアプリケーション自体に保存されるものと、図面毎に保存されるものがあります。
AutoCADのオプションダイアログボックスでは、図面に保存される設定の項目に図面のアイコンが表示されています。